La Secretaría de Administración es la dependencia encargada de contribuir al logro de los fines institucionales a través de la planeación, organización, suministro y control de los recursos materiales, financieros y técnicos, así como del personal necesario para dar respuesta a los requerimientos de la Universidad.

La Secretaría de Administración ha tenido importantes cambios a efecto de ofrecer y brindar de manera eficaz apoyo como pilar de gestión de las actividades adjetivas al servicio a la comunidad universitaria.

Las funciones adjetivas de la administración central han tenido presencia desde 1956 con la integración de la junta directiva, encargada de velar por el cumplimiento estricto de los estatutos y la buena administración de fondos.

En el año 2000 por acuerdo se modifica la estructura orgánica de la Administración Central, estableciendo como denominación Secretaría Administrativa, que posteriormente durante la administración 2001-2005, modifica a la estructura orgánico-funcional de la Administración Central en donde se cambia la denominación de Secretaría Administrativa a como la conocemos al día de hoy, Secretaría de Administración.

En la Gaceta Universitaria extraordinaria de octubre de 2018 se publica el acuerdo por el que se escinde la Secretaría de Administración para conformar la Secretaría de Finanzas y la Secretaría de Administración de la Universidad Autónoma del Estado de México, siendo su sede en el Edificio Administrativo.

En la actualidad la Secretaría de Administración se conforma por 7 direcciones; Recursos Humanos, Recursos Materiales, Obra Universitaria, Tecnologías de la Información y Comunicaciones, Organización y Desarrollo Administrativo, Transporte Universitario y Archivo Universitario; todas ellas con el mismo objetivo de servir a la comunidad universitaria con apego a la normatividad vigente, apoyada por el uso de tecnologías de información y comunicaciones, teniendo como estrategias la certificación de estándares internacionales de calidad.